Partie 1. Les bases
Fiche1. Structure et expression d’un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine
Fiche2. Définition des ARN non codants
Fiche3. Paramètres de description d’un génome
Fiche4. Enzymes de restriction
Fiche5. Électrophorèse des acides nucléiques
Fiche6. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Fiche7. Description d’un plasmide et d’un phagemide
Fiche8. Description d’un YAC et autres grands vecteurs
Fiche9. Clonage moléculaire
Fiche10. Transformation génétique des bactéries et des levures
Fiche11. Construction de banques d’acides nucléiques
Fiche12. Extraction d’ADN
Fiche13. Extraction d’ARN
Fiche14. Marquage des acides nucléiques (ADN et ARN)
Fiche15. Hybridation moléculaire
Fiche16. Hybridation in situ d’ARN
Fiche17. La cytogénétique moléculaire : FISH, GISH
Fiche18. Électrophorèse en champ pulsé
Partie 2. Caractérisationd’un gène
Fiche19. Séquençage d’ADN par la technique Sanger
Fiche20. RT-PCR (Reverse Transcription -Polymerase Chain Reaction)
Fiche21. PCR quantitative
Fiche22. Amplification rapide d’extrémités d’ADNc : RACE
Fiche23. Transcription in vitro
Fiche24. Détermination du site d’initiation de la transcription
Fiche25. Gel-retard
Fiche26. Production de protéines recombinantes
Fiche27. Système du double hybride
Partie 3. Analyse de lafonction d’un gène par mutagenèse ou transgenèse
Fiche28. Grands principes de la transgenèse et de la mutagenèse
Fiche29. Transfert de gènes
Fiche30. Transgenèse chez la souris
Fiche31. Analyse de la fonction d’un gène par mutagenèse ou transgenèse chez les poissons
Fiche32. Transgenèse chez Drosophilamelanogaster
Fiche33. Transgenèse de Caenorhabditis elegans
Fiche34. Transgenèse stable des plantes par les agrobactéries
Fiche35. Techniques de ARNi (ARN interférence)
Fiche36. Transformation des plantes par agro-infiltration par Agrobacterium tumefaciens
Fiche37. Analyse fonctionnelle de promoteurs
Fiche38. Mutagenèse chimique du génome de drosophile
Fiche 39. Mutagenèse d’insertion
Fiche 40. Le TILLING (Targeting-Induced Local Lesions IN Genomes)
Fiche41. Mutagenèse dirigée par le système CRISPR-Cas9
Partie 4. Approches hautdébit
Fiche42. Séquencer un génome : généralités
Fiche43. Séquençage d’ADN par la technique Illumina
Fiche44. Séquençage d’ADN par la technique SingleMolecule Real Time (SMRT) : PacBio
Fiche45. Séquençage d’ADN grande longueur par la technique Nanopore
Fiche46. Séquençage d’ADN par la technique Ion Torrent™
Fiche47. Séquençage d’ADN grande longueur « synthétique » par la technique 10XGenomics®
Fiche48. Cartographie optique de génomes (OpticalMapping)
Fiche49. La capture d’exons
Fiche50. Métagénomique et métatranscriptomique
Fiche51. Barcoding et métabarcoding
Fiche52. Analyse des données RNA-seq (RNA-sequencing)
Fiche53. Interactions protéines-ARN à la résolution du nucléotide (iCLIP)
Fiche54. Méthodes d’analyse du traductome
Fiche55. Structure de la chromatine : introduction
Fiche56. Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)
Fiche57. Analyse tridimensionnelle de la chromatine par Chromosome Conformation Capture : les techniques 3C, 4C-seq et Hi-C
Fiche58. Techniques d’identification de régions génomiques accessibles à desrégulateurs : FAIRE et ATAC
Fiche59. Méthode de détermination du positionnement des nucléosomes : MAINE
Fiche60. La méthylation de l’ADN
Partie 5. Étude dupolymorphisme d’un génome
Fiche61. Les principaux types de polymorphisme
Fiche62. Microsatellites, répétitions de séquences simples : SSR
Fiche63. Génotypage SNP (Single NucleotidePolymorphism)
Fiche64. Utilisation des polymorphismes : QTL, GWAS et scans génomiques
Fiche65. Détermination du polymorphisme par séquençage de nouvelle génération
Fiche66. Approches populationnelles par séquençage en pools (Pool-Seq)
Fiche67. Détection génomique de CNV par nouvelles technologies de séquençage
Fiche68. Étude du polymorphisme par séquençage d’ADN associé à des sites derestriction (RAD-seq)
Fiche69. Génotypage par séquençage : GBS (GenotypingBy Sequencing)
Partie 6. Bioanalyses
Fiche70. Assemblage de génomes
Fiche71. Annotation de génomes
Fiche72. Galaxy
Fiche73. La programmation
