Introduction
Christian Lannou
1. Le potentiel de l’immunité végétale pour émanciper l’agriculture de la protection chimique
Christian Lannou
La grande vulnérabilité des systèmes agricoles face aux épidémies
Résister aux épidémies : une histoire ancienne et une nécessité moderne
Une vision pour le futur
Partie I. L’immunité végétale : comment les plantes résistent à leurs bioagresseurs
2. Les formes connues de l’immunité chez les plantes : la cellule végétale sous haute surveillance
Dominique Trémousaygue et Laurent Deslandes
Antennes extérieures, alarmes intérieures, la cellule végétale est bien équipée
Mise en œuvre du plan défense : de la perception de l’agent pathogène à la mise en place de l’immunité
Conclusion
3. Effecteurs des agents phytopathogènes : à la croisée des chemins entre manipulation et induction des réactions de défense des plantes
Thierry Rouxel, Stéphane Genin et Muriel Viaud
Effecteurs : nature et répartition taxonomique
Les effecteurs – comment ça marche ?
Des répertoires importants et diversifiés d’effecteurs dans les génomes eucaryotes
Aspects évolutifs
Conclusion
4. La résistance quantitative aux maladies chez les plantes
Adelin Barbacci et Sylvain Raffaele
Comment identifier les déterminants génétiques de la résistance quantitative ?
Quels processus cellulaires contribuent à la résistance quantitative ?
Comment la sélection naturelle façonne-t-elle la QDR ?
Conclusion
5. Comment les plantes se défendent‑elles face aux virus ?
Sylvie German-Retana, Mikhail Pooggin, Jean-Luc Gallois, Diana Ortiz et Benoît Moury
Résistances qualitatives
Le gene silencing : voie de défense antivirale majeure
Les résistances quantitatives
La tolérance
Conclusion
6. Réponses des plantes aux attaques des insectes et des nématodes
Bruno Favery et Christine Coustau
Les insectes et les nématodes, des ravageurs redoutables
Perception et reconnaissance des insectes et des nématodes par les plantes
Réponses de défense des plantes aux nématodes et aux insectes
Les effecteurs de pathogénie des insectes et des nématodes
Résistance et gènes de résistance des plantes aux nématodes et aux insectes
Utilisation des défenses naturelles des plantes pour la protection des plantes cultivées
Conclusion
7. Effets des changements environnementaux sur l’immunité végétale
Richard Berthomé, Benoît Moury, Véronique Lefebvre et Mathilde Fagard
Principaux facteurs environnementaux modulant l’immunité végétale
Réponses moléculaires des plantes en condition de stress biotiques et abiotiques combinés
Conclusion
Partie II. Une interaction évolutive : la course aux armements entre les plantes et leurs parasites
8. Coévolution des hôtes et de leurs parasites : la théorie
Aurélien Tellier et Frédéric Hamelin
Cadre théorique général
Résistance qualitative et évolution du polymorphisme
Résistance quantitative et évolution de la virulence
Conclusion
9. Coévolution plantes-parasites en populations naturelles
Virginie Ravigné, Fabien Halkett et Charlotte Tollenaere
La dynamique des épidémies en populations naturelles
La coévolution dans les populations naturelles
Les agents pathogènes dans le réseau biotique
Conclusion
10. L’adaptation des agents pathogènes de plantes aux systèmes cultivés : une évolution sous contraintes anthropiques
Fabien Halkett, Christian Lannou, Christophe Le May, Josselin Montarry, Julien Papaïx et Virginie Ravigné
Des peuplements hôtes anthropisés
L’adaptation des agents pathogènes
L’évolution des modes de reproduction
La fabrique des émergences
Conclusion
11. Les contournements de résistance : mécanismes, dynamiques et conséquences
Henriette Goyeau, Fabien Halkett, Bruno Le Cam, Josselin Montarry et Christophe Le May
Les trois phases d’un contournement et les forces évolutives impliquées
Dynamique spatiale et temporelle des contournements
La résistance quantitative pour ralentir les contournements ?
Quelle stratégie pour préserver la durabilité des résistances ?
Conclusion
12. Histoire de la sélection pour des plantes résistantes
Cyrille Saintenac, Pierre Devaux, Benoît Moury, Francois-Xavier Oury et Michel Pitrat
Évolution de la sélection pour la résistance aux maladies
La sélection de variétés résistantes : succès, échecs et freins
Conclusion
13. Évolution de la diversité cultivée du blé tendre en France
Rémi Perronne, Tiphaine Vidal, Philippe Du Cheyron, Jérôme Enjalbert et Isabelle Goldringer
La diversité cultivée du blé tendre et les causes de son évolution
Autres sources de diversification du blé tendre en France
Conclusion
14. Une feuille de route pour la valorisation de l’immunité végétale en agriculture
Cyrille Saintenac, Maria J. Manzanares-Dauleux et Jean-Luc Gallois
Architecture génétique de la résistance et de la sensibilité des plantes aux bioagresseurs
Comment utiliser l’arsenal génétique de l’hôte pour combattre plus efficacement les bioagresseurs
Comment développer en pratique des nouvelles variétés résistantes
Conclusion
Partie III. Des parcelles aux paysages : construire des peuplements résistants
15. Écologie des interactions plante‑bioagresseur
Julien Papaïx, Karine Berthier, Frédéric Fabre, Benoît Moury, Virginie Ravigné et Loup Rimbaud
Une grande variété d’interactions entre les parasites et leurs hôtes
Des processus à différentes échelles spatiotemporelles
Écologie des communautés de bioagresseurs
Conclusion
16. Stratégies paysagères pour déployer efficacement et durablement la résistance : modèles et prédictions
Loup Rimbaud, Julien Papaïx et Frédéric Fabre
Des stratégies pour déployer durablement la résistance
La modélisation mathématique appliquée à la gestion durable des résistances
Prédictions des modèles vis-à-vis du déploiement de la résistance
Conclusion
17. Diversifier les paysages cultivés : état des connaissances et perspectives de recherche
Frédéric Fabre, Florence Carpentier, Julien Papaïx, Anne-Lise Boixel et Karine Berthier
Les bioagresseurs se dispersent fréquemment à des échelles supraparcellaires
La diversification intraspécifique des cultures dans les paysages, un levier de gestion des épidémies ?
Nouvelles données, nouveaux outils, nouvelles perspectives
Conclusion
18. Mélanger les variétés pour construire des peuplements plus résistants aux bioagresseurs
Tiphaine Vidal, Arnaud Gauffreteau, Jérôme Enjalbert et Frédéric Suffert
Les mélanges variétaux comme pratique de diversification
Les dynamiques épidémiques dans les mélanges variétaux
Mobiliser les connaissances pour accroître l’efficacité des mélanges variétaux
Conclusion
Partie IV. Des gènes de résistance aux acteurs humains : la dimension socioéconomique de l’immunité végétale
19. Résister ! Une aptitude commune aux vignes, aux agents pathogènes, aux professionnels et aux scientifiques
Sophie Tabouret
La cristallisation du problème autour de la résistance durable
Des incertitudes grandissantes face à de nouveaux cas de contournement
« Dé-scription » des acteurs en Languedoc
Conclusion
20. La résistance variétale, un objet‑frontière à construire
François Hochereau
Les aléas de la prise en compte des résistances variétales en agriculture
La résistance variétale, un concept ambivalent
La résistance à l’usage
Conclusion
21. Vers une gestion des gènes de résistance comme des biens communs
Mourad Hannachi, François Coléno, Lydia Bousset, Régine Delourme, Anne-Marie Chevre, Marie-Hélène Balesdent, Thierry Rouxel, Xavier Pinochet, Martine Leflon, Cécilia Multeau et Laurence Garmendia-Auckenthaler
L’immunité végétale conférée par les gènes de résistance est-elle par nature non durable ?
Une gestion durable des gènes de résistance est-elle possible, concevable et opérationnalisable ?
Vers une innovation organisationnelle pour la gestion collective et durable des gènes de résistance ?
Conclusion
Partie V. Des stratégies de gestion des résistances variées pour des pathosystèmes contrastés
22. L’intégration des connaissances sur les résistances variétales par les acteurs de la sélection : un gage d’efficacité et de durabilité ? L’exemple du phoma du colza
Thierry Rouxel et Marie-Hélène Balesdent
Peu de maladies préoccupantes, mais une maladie fongique prévalente, la nécrose du collet
Résistances variétales du colza au phoma : de l’empirisme au déterminisme génétique
Des interactions fortes entre la recherche publique et la filière
Comment maximiser la durabilité des résistances variétales du colza au phoma ?
Comment les acteurs privés s’emparent-ils des connaissances générées par la recherche ?
Conclusion
23. Les terrasses rizicoles du Yuanyang : un cas exceptionnel de gestion durable des maladies
Élisabeth Fournier, Mourad Hannachi et Jean-Benoît Morel
Les terrasses du Yuanyang : brève présentation d’un agroécosystème millénaire
Diviser pour mieux régner
Diversité et dynamique du système immunitaire des riz des terrasses
Le rêve de Darwin : un agent pathogène qui ne parvient pas à s’adapter
Du rôle essentiel des réseaux d’échanges de semences dans la durabilité
Conclusion
24. Peut-on prédire la durabilité des résistances ? Le cas des virus
Benoît Moury, Lucie Tamisier, Frédéric Fabre et Loup Rimbaud
Le spectre d’action de la résistance
Capacité d’évolution vers la virulence
Coûts de fitness liés à la virulence
Potentiel évolutif du virus
Conclusion
25. Résistance génétique aux nématodes à galles en cultures maraîchères : des gènes au champ
Caroline Djian-Caporalino et Philippe Castagnone-Sereno
Principaux gènes de résistance contre les nématodes à galles disponibles chez les plantes maraîchères
Effet du fond génétique sur l’expression de la résistance aux nématodes à galles
Programmes d’amélioration et biotechnologies
Limites à l’utilisation des gènes de résistance
Déploiement des gènes de résistance dans les agroécosystèmes : à utiliser avec précaution
Conclusion
26. Des vignes, des invasions et des résistances
François Delmotte, Frédéric Fabre, Anne-Sophie Miclot, Manon Paineau, Christophe Schneider et Laurent Delière
Les vignes américaines à la rescousse
Créer les cépages de demain
Des résistances majeures à effets partiels
Des agents pathogènes qui s’adaptent
La nécessaire adaptation des itinéraires de culture
La vigne sous surveillance
Conclusion
27. Un effet papillon dans les peupleraies françaises : les répercussions d’un contournement de résistance sur les méthodes de sélection variétale
Bénédicte Fabre, Catherine Bastien, Claude Husson, Benoît Marçais, Pascal Frey et Fabien Halkett
Un pathosystème chargé d’histoire
Les conséquences du contournement de la résistance R7 sur l’évolution des populations de Melampsora larici-populina
Un nouveau schéma d’amélioration variétale
Vers une évaluation précoce de la durabilité de la résistance
Conclusion
Conclusion
Christian Lannou
Glossaire
Références bibliographiques
Liste des auteurs
